Il Cus Pisa non è solo sport universitario e agonistico, ma ha anche una ricca attività giovanile. Al suo interno, per i bambini e le bambine, da 4 fino a 11 anni di età, è stata creata una sezione apposita "polidisciplinare": CUS JUNIOR, con l’obiettivo di introdurre i giovanissimi nel mondo dello sport, guidarli con gradualità fino alla scelta della “loro” disciplina evitando la specializzazione precoce e seguirli nella loro crescita, dall’età della scuola dell’infanzia a quella della scuola primaria.

I bambini e le bambine provano e imparano le basi di tutti gli sport, ed i più grandi iniziano gradualmente a sceglierne uno (atletica, basket, calcio, pallavolo, hockey su prato, rugby, tennis, ginnastica e danza, arti marziali...). Al termine di questo percorso, con l’inizio della scuola media, saranno pronti per una delle sezioni specifiche del Cus per intraprendere, se vorranno, un'attività agonistica vera e propria.

Gli impianti sportivi utilizzati sono quelli universitari di Via Chiarugi, i più attrezzati e completi della Città, all’interno di un campus immerso nel verde e accogliente anche per i Genitori, che vi trovano prati e panchine per il relax, la possibilità di fare sport negli stessi orari dei figli e un'accogliente Club-House. 

Il Progetto Didattico della sezione Polidisciplinare è stato elaborato dai migliori allenatori del CUS, con la collaborazione dei docenti del Corso di Laurea in Scienze Motorie dell’Università di Pisa. Per la qualità di questo servizio il CONI ha designato il CUS quale sede di Centri di Avviamento allo Sport per moltissime discipline. 

Durante il Periodo Scolastico, i corsi si svolgono di norma tra le 16,00 e le 17,00 o tra le 17,00 e le 18,00 in due giorni della settimana a scelta. Intensa è anche la collaborazione con le scuole del territorio negli orari curriculari. Da quest’anno saranno organizzate anche gite ed escursioni nei fine settimana e attività sulla neve. 

Nel Periodo Estivo sono organizzate varie attività: campi solari giornalieri, centri estivi residenziali in località che permettono di unire esperienze nella natura e sport all’aria aperta.

TUTTE LE ATTIVITA' DI CUS JUNIOR SONO IMPRONTATE ALLA CARTA ETICA DELLO SPORT DELLA REGIONE TOSCANA (quindici articoli chiari e concisi che affermano il diritto di tutti a fare sport per stare bene, che definiscono la pratica dello sport "componente essenziale nel processo educativo" e la lealtà ovvero il fair play, fondamentale in ogni disciplina sportiva, sia a livello dilettantistico che professionistico) e alla Carta Unicef dei diritti dei bambini e delle bambine.